El natural de Hondarribia, que se ganó el puesto de entrenador fundamental para las filas hispalenses después de sus actuaciones en Europa, dejaba el conjunto sevillista para dar el salto europeo que tanto anhelaba
Tras su llegada en 2014 para hacer historia en el Sevilla. El 2 de diciembre sustituiría a Michel frente al banquillo, tomarían la determinación de contar con el hondarribitarense para los próximos 4 años.
La historia la comenzó a marcar cuando en la temporada 2013-2014/ 2014-2015 / 2015-2016, certificó la obtención de tres Europa League consecutivas que marcaron un antes y un después en el Sánchez - Pizjuán.
Unai Emery saldría del Sevilla FC un 12 de junio de 2016 para fichar posteriormente por el Paris Saint Germain y dar un gran salto en su carrera. A pesar de todo, en una entrevista que concedió para France Football, el entrenador dejó caer que pudo hacer mejores cosas en el conjunto parisino pero no llegó ese momento.
En París vivió una eliminación dolorosa frente al FC Barcelona en la UCL a pesar de declarar que fueron eliminados por puras decisiones arbitrales que el VAR hubiese solventado con mayor eficacia y con mejores resultados. En su segundo año, también fueron eliminados pero en esta ocasión, frente al Real Madrid.
El 23 de mayo de 2018, sustituyendo a Arsène Wenger, el Arsenal hacía oficial la incorporación del vasco en sus filas para las próximas tres temporadas pero una serie de infortunios como la derrota frente al Eintracht de Frankfurt en UEL por 1-2 hicieron que tomasen la decisión de rescindir su contrato en noviembre de 2019.
Por último, y donde continua hasta la fecha, en Junio de 2020 se incorporaba a las filas del Villarreal para hacerles llegar a la semifinal de Champions League donde fueron eliminados sin piedad ante un Liverpool que finalmente cayó en la final frente al Real Madrid proclamándose ganar de la decimocuarta orejona.